摘要：This research was aimed at evaluating the genetic polymorphism of TLR4 and MHC-DRB genes in dairy goats [(Saanen, Etawah Grade-Saanen Crossbred (PESA), and Etawah Grade (PE)] using PCR -RFLP. The two genes are involved in immunity where they play a crucial role in pathogens recognition and presentation to T-cells and CD4 cells. PCR was used to amplify genomic DNA for TLR4 (382 bp) and CaLA-DRB (285 bp) genes fragments. Genetic polymorphism was detected by digesting TLR4 amplimer with AluI while DRB amplimers were digested with PstI and TaqI in two separate reactions. The results showed that TLR4|AluI was monomorphic and fixed with allele T in all three breeds while DRB|TaqI and DRB|PstI loci were found polymorphic for all breeds. Heterozygosity expected (He) and PIC were found low at both DRB|TaqI and DRB|PstI loci in PE and Saanen. Χ2 results showed that DRB|PstI in PE and DRB|TaqI in PESA were not in H-W equilibrium and did not display homozygous recessive genotype. The results declared that TLR4|AluI was not a good for marker for diseases resistance whereas DRB|TaqI and DRB|PstI gave hope for resistance based on their PIC.
其他摘要：Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari keragaman genetik gen TLR4 dan MHC-DRB pada kambing perah [(saanen, persilangan peranakan etawah-saanen (PESA), and peranakan etawah (PE)] dengan menggunakan metode PCR-RFLP. Kedua gen tersebut berperan dalam sistem imunitas yang penting dalam pengenalan patogen serta membawa patogen tersebut ke sel-T dan sel CD4. PCR digunakan untuk mengamplifikasi fragmen DNA genom dari gen TLR4 (382 bp) dan CaLA-DRB (285 bp). Keragaman genetik pada TLR4 dideteksi dengan memotong amplimer dengan enzim restriksi Alu1 sedangkan pada DRB, amplimer dipotong menggunakan enzim restriksi PstI dan TaqI pada reaksi yang berbeda. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa TLR|AluI tidak menunjukkan keragaman genetik (monomorfik) dan hanya ditemukan satu alel pada ketiga tipe peranakan. Nilai-nilai heterozigositas (He) dan PIC ditemukan rendah pada kedua lokus DRB|TaqI and DRB|PstI di PE dan saneen. Nilai X2 menunjukkan bahwa DRB|PstI di PE and DRB|TaqI di PESA tidak berada dalam kesetimbangan H-W dan tidak ditemukan adanya genotype homozigot resesif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa TLR4|AluI bukan merupakan marker yang tepat untuk menggambarkan resistensi penyakit sedangkan DRB|TaqI dan DRB|PstI memberikan harapan untuk dapat digunakan sebagai marker resistensi berdasarkan nilai PIC yang didapatkan.
