カカオ( Theobroma cacao )は，多くの熱帯地域の国の重要な作物であり，チョコレートの原材料として栽培されている．カカオにおいても害虫耐性の付与など品種改良が望まれているが，その基礎となるカカオの生理・生化学，分子遺伝学についてはほとんどわかっていない．また，現時点ではカカオのゲノム情報も明らかにされていない．われわれは，カカオポッド果殻のプロテオームを明らかにするため2次元電気泳動(2-DE)/質量分析を行った．カカオポッドには大量のガムが含まれているため，ポッド果殻タンパク質をフェノール抽出/メタノール-酢酸アンモニア沈澱法により調製した．タンパク質試料を2-DEで分離し，コロイドCBBで染色したところ，2-DEゲル中において約700のタンパクスポットを検出することができた．244個のタンパクスポットについてトリプシン消化物のSPITC-誘導体を調製し，MALDI-TOF/TOF MSを用いた de novo シークエンシングを行った．この方法により144個のカカオポッド果殻タンパク質を同定することができた．同定されたタンパク質の大部分は代謝やエネルギー生産に関与するものであった．また，ポッドの成長・分化に関わるタンパク質も検出された．