目的  本稿は、2009年3月、日本国際保健医療学会東日本地方会にて実施した、「感染症対策と保健システム」ワークショップと、それに続くオープンフォーラムの討議内容を報告する。 方法  ワークショップではまず、1）ラオスの村落ベースのマラリア対策の現状と今後、2）ラオスの母児ユニットへの妊娠期から乳児期までの継続ケアアセスメント、3）タイとザンビアの地域ベースでのHIVに対する抗レトロウイルス治療展開と保健システム強化、4）カンボジアのワクチンと予防接種のための世界連合（GAVI）による保健システム強化支援の４つの話題提供が行われた。その後、1）疾病対策プログラム（主に感染症）を進める際に認識される保健システムの問題点、2）保健システム強化の視点から見た疾病対策プログラムの問題点、3）疾病対策プログラムは保健システム強化にどのように貢献しうるかの3点を討論した。合計30の論点や経験が表出された。しかし、限られた時間内では、実効的な論理構築が困難であるため、2009年5月末日までの枠組みで、著者4名とワークショップ参加者のうち希望者を主体とする謝辞に記された22名が、インターネットを通じたオープンフォーラムにてさらなる論点を収集し、それを取りまとめた。その結果、23の追加的論点や経験が表出された。 結果  第一に、感染症対策などの疾病対策プログラムを進める際に認識される保健システムの問題点として、1）保健医療人材の量と質の圧倒的な不足、2）保健インフラや物資の不足、3）地域レベルで実施可能な技術内容の制限（感染症の場合、特に検査技術）の3点が認識された。第二に、保健システム強化の視点から見た疾病対策プログラムの問題点として、1）複数の疾病対策プログラム間ならびにそれを支援するドナー間の協調の欠如、2）地域レベルの保健ワーカーの多重・過重業務（特に保健情報の記録、報告業務）、3）疾病対策プログラムの対象と地域保健ニーズの乖離、4）疾病対策プログラムが行政能力強化に十分貢献していないこと、5）疾病対策プログラムの推進に伴う保健資源やサービス便益の偏在化、6）プログラム間の物的資源の共用が阻害されていることの6点が挙げられた。第三に、疾病対策プログラムを通じた保健システム強化の具体策として、1）保健システム強化のための資源創出、2）セクターワイドな事業管理モデルの提示や、基本的な骨組みの提供、3）プログラムの実施、特にトレーニング機会を利用した行政能力強化、4）末端保健スタッフの給与補てん、5）資機材（ハードウェア）ならびにソフトコンポーネント成果物の提供の5点が挙げられた。 結論  上記に述べられたような、現実的な保健システム強化策を模索しつつ、保健システムの全体像とその政策的妥当性を、途上国側のステークホルダーとともに模索する巨視的な視点を合わせ持ち、議論と実践を進める必要がある。