日本で少なくとも1,300年以上の歴史を有する味噌は極めて素朴な道具と設備で開放条件下で醸造され, 保管されてきたので, 常に微生物汚染の危険に曝されてきた。また, 調理法も味噌汁という加熱処理を経たもの以外に直接生の状態の使用もかなりあったし, 現在もこの食形態は日常茶飯事である。にもかかわらず, 味噌が食中毒の原因となった事例は聴かない。しかしながら, 最近は低塩化, ルー化など味噌は多様化しつつあり, この際味噌の衛生細菌汚染の実態とその可能性について予め調べておくことが, 食品衛生上必要である。