近年，学術研究の分野にとどまらず，微生物の同定にDNA塩基配列が企業の品質管理の現場でも頻繁に用いられるようになってきた．DNAによる同定はさまざまな長所を有しており，その利用が微生物同定を特別な技術から，微生物学や分子生物学の基本的な知識を有する者ならば手軽に行えるものにしたといっても過言ではないが，その反面，長所のみが先行して，必要な知識や留意事項が忘れられがちである．特にカビにおいては，DNAを取扱ううえでの知識はいうに及ばず，分類学的な背景や，結果を正しく解釈するバイオインフォマティックスの知識などが要求される． そもそもDNA塩基配列を用いた同定は，細菌において，16S rRNA遺伝子および染色体DNAの類似度の間に相関があり，同種であれば16S rRNA遺伝子の塩基配列は同じで(あるいは酷似)，種が異なると塩基配列も異なる(例外もある)ことが明らかにされたことにより，その有効性が示された．酵母においても同じような過程を経て，リボゾーム関連遺伝子の塩基配列が有効であることが示された．一方，カビにおいては，リボゾーム関連遺伝子と染色体DNAの類似度との関連性はあまり実証されてはいないが，同じ菌類である酵母で塩基配列を用いた同定の有効性が示されていることもあり，カビの同定にも応用されるようになってきている． DNA塩基配列が微生物の同定に利用され始めて約20年が経過し，その間，実際に同定する場面でいろいろな問題が生じてきている．解決されているものも少なくないが，分類学上の概念にかかわる事項など，依然としてさらなる議論・検討が必要な課題もある．このような背景を理解し，利便性の高いDNA塩基配列を有効に微生物，特にカビの同定に利用されることが望ましい．