19個のDNAマーカーを用いて，タマネギ複数個体分析し，集団のアリール頻度を算出した上で，そのアリール頻度を有意差検定することにより品種識別が可能であった．国内外の45品種（2系統を含む）について，有意差検定を行った結果，0.1％及び1％有意水準で990通り中5品種間を除き識別が可能であった．国内外の12品種を用いて年次変動を確認したところ，アリール頻度は安定しており，0.1％及び1％有意水準で有意差はなく，年次変動は少ないと考えられた．また，西日本の主要品種である3品種を用いて地域間差を確認したところ0.1％及び1％有意水準で有意差はなく，地域間差も少ないと考えられた．予め対象品種各24個体で各品種のアリール頻度を調査しておき，市場流通品を1件あたり15個体分析し，そのアリール頻度と比較した結果，国内5品種31件において，誤りなく品種を識別することができた．自家採種されている北海道の札幌黄を用いて，育成者の違いがアリール頻度に与える影響を調査した結果，育成者の違いによりアリール頻度に差が出てくるとの結論を得た．