摘要：Durante el siglo XIX, las reiteradas matanzas de indígenas llevaron a forjar la identidad de los uruguayos como de “país de inmigrantes”, sin continuidad entre los habitantes históricos y los actuales. Sin embargo, diversos historiadores plantean un aporte de varios miles de guaraníes, mientras que se hace referencia al reparto de algunos cientos de mujeres y niños charrúas. En la década de 1980, el análisis de marcadores genéticos mostró contribución indígena a la población en distintas regiones del país, y posteriormente, que este aporte era mayor al considerar linajes maternos. Para investigar el origen de estas indígenas, y la posible continuidad genética desde tiempos prehistóricos, se analiza ADNmt de habitantes prehistóricos, históricos y actuales del territorio uruguayo. Se compara la frecuencia de los haplogrupos indígenas y secuencias de la región hipervariable I de población actual, con 7 individuos inhumados en “cerritos”, un charrúa histórico, y grupos indígenas de América del Sur. La población uruguaya presenta mayoría de haplogrupos B y C (ambos 35%), al igual que los sitios prehistóricos. Estos dos haplogrupos son comunes en Patagonia, mientras que los guaraníes carecen casi totalmente del C, lo cual podría indicar un mayor aporte pampeano-patagónico (macro-etnia charrúa) que guaraní, contrariamente a lo esperado. Además, se pudo establecer continuidad poblacional desde la prehistoria, marcada por la presencia de una mutación rara asociada al haplogrupo C (transición en 16288).
