平成20～24年度に文科省のスーパーサイエンスハイスクール（SSH）コンソーシアムとして日本国内（八重山諸島，宮古島，沖縄本島，佐賀県，兵庫県，宮城県，青森県）の高校と共同で，Y染色体DNAとミトコンドリアDNA（mtDNA）のハプログループを解析し，日本各地における頻度分布を調査した。その結果，Y染色体ハプログループに関してはDE*は佐賀県，青森県と比較して，琉球地域で高い割合を示した。ハプログループC1は佐賀県，青森県と比較して，琉球地域で高く，逆にC3は佐賀県，青森県と比較して琉球地域で低い結果となった。ハプログループO2b1は沖縄本島において低頻度を示したが，O2b*, O3の頻度は地域間で大きな違いはみられなかった。mtDNAに関しては，佐賀県，兵庫県，青森県と比較し，琉球地域においてハプログループM7aは高頻度を示し，N9aは低頻度を示すことがわかった。N9bは頻度数値がどこも小さいが，青森，琉球地域に対し，中間に位置する兵庫・大阪・京都と佐賀が比較的低かった。日本本土と琉球地域ではY染色体DNAとmtDNAのハプログループの頻度に違いがみられることがわかった。