本研究では，乳酸菌を対象としたPCR-RFLP法によるジェノタイピングを検討した．16S rDNA配列を4塩基認識の制限酵素8種（ Acc II， Afa I， Hae III， Hha I， Mbo I， Msp I， Taq I， Xsp I）でそれぞれ処理した際に生じる制限酵素断片化パターンを解析し，それぞれの断片化パターンを組み合わせて評価することで99種の乳酸菌から82のジェノタイプが得られることを明らかにした．2種のみ制限酵素を組み合わせて評価したジェノタイプ数は， Xsp Iと Msp Iを用いた場合が最も多く，99種の乳酸菌から65のジェノタイプが得られた．また，そのうち52種は特定の乳酸菌特異的なジェノタイプであることを明らかにした． Xsp Iと Msp Iを用いたPCR-RFLPで決定したジェノタイプのうち92.3%が系統分類学的に妥当に分類されていた．また，乳酸菌20種を用いて実際にPCR-RFLP解析を行い，シミュレーション通りの分類が可能であることを確認した．これらの結果は乳酸菌のジェノタイピングや同定，そしておおよその分類においてPCR-RFLP法の有効性を示すものである．