スペクトラルグラフ理論は、グラフの特性をその隣接行列の特性多項式の問題として扱う理論およびテクニックの総称である。主な応用として化合物における構造解析があり、系統の近い分子の比較や構造の特徴量の算出に用いられる。この報告では、従来の理論を改良した、分子の系統の近遠に係わらずさまざまな分子構造の量的マッチが可能となるインデックス作成法を提案する。