A riqueza de fungos ingoldianos, fungos aquático-facultativos e algumas variáveis abióticas foram avaliadas em alguns lagos e riachos no Parque do Carmo na cidade de São Paulo, SP. Coletas mensais de folhedo misto submerso foram realizadas de março de 2007 a junho de 2009. Adicionalmente, a temperatura, pH, oxigênio dissolvido e a condutividade foram medidos com um equipamento multisonda. No laboratório, as folhas foram lavadas, divididas em fragmentos (1 cm2), incubadas em água destilada esterilizada (30 dias, 22 °C) e analisadas microscopicamente para identificação dos táxons com base na literatura pertinente. Foram obtidos 35 táxons, divididos em 22 fungos ingoldianos, (mais frequentes nos córregos) e 13 fungos aquático-facultativos (mais frequentes nos lagos). A riqueza da micota nas épocas secas e frias foi semelhante a das épocas chuvosas e quentes, porém diminuiu nas épocas secas e quentes. O tipo de estação climática exerceu maior influência na riqueza de fungos do que o tipo de local de coleta, com correlações positivas entre a micota, a temperatura e a condutividade elétrica da água. O Parque do Carmo apresenta riqueza considerável de fungos ingoldianos e aquático-facultativos, oferecendo ambientes aquáticos interessantes para estudos sobre a influência climática sazonal na micota aquática urbana.