标题：Распространение эндемичных субклонов Beijing B0/W148 M. tuberculosis на территориях Сибирского и Дальневосточного федеральных округов по результатам полногеномного секвенирования
其他标题：Dispersal of Beijing B0/W148 M. tuberculosis Endemic Subclones in Territories of the Siberia and Far Eastern Federal District by Whole Genome Study
摘要：Актуальность . Впервые описана генетическая неоднородность эпидемического кластера B0/W148, являющегося наиболее «успешным» штаммом возбудителя туберкулеза в России и в мире. Цель . Создание эпидемиологической модели распространения штаммов туберкулеза B0/W148 на территории Сибирского и Дальневосточного федеральных округов (СФО и ДФО) с выявлением генетической взаимосвязи между исследуемыми штаммами и изолятами из западных регионов России. Результаты и обсуждения . Проведено сравнительное исследование распределения однонуклеотидного полиморфизма (SNP) в геномах 20 штаммов из СФО и ДФО с аналогичными данными от 62 близкородственных штаммов из западных регионов России. На основе байесовского филогенетического древа построена эпидемиологическая модель возникновения и распространения высокотрансмиссивных штаммов M. tuberculosis кластера B0/W148 в России. По результатам моделирования выявлены и охарактеризованы Сибирский и Якутский субкластеры B0/W148.
其他摘要：Relevance . The heterogeneity of the epidemic cluster B0/W148 in Russia is described for the first time. Aim of investigation was to create an epidemic model of tuberculosis strains B0/W148 spreading in Siberian Federal District (SFD) and Far Eastern Federal District (FEFD) and to identify the genetic relationship between the studied strains. Results and discussion . A comparative study of single nucleotide polymorphism (SNP) distribution in genomes of 20 strains from the SFD and FEFD and similar data in 62 strains from other regions of Russia was carried out. Based on Bayesian phylogenetic analysis was proposed epidemiological model of the emergence and spread of highly transmissible strains the B0/W148 cluster of M. tuberculosis in Russia. Siberian and Yakutian subclusters were identified and characterized by the simulation results.
关键词：туберкулез ; эндемичные субклоны B0/W148 ; NGS ; филогенетический анализ ; Дальневосточный федеральный округ (ДФО) ; Сибирский федеральный округ (СФО)
其他关键词：tuberculosis ;endemic subclones B0/W148 ;NGS ;phylogenetic analysis ;Far Eastern Federal District ;Siberian Federal District
