出版社：Grupo de Pesquisa Metodologias em Ensino e Aprendizagem em Ciências
摘要：A proteína p38 está envolvida na síntese de citocinas proinflamatórias, principalmente IL1 e TNFα, sendo importante na manutenção e amplificação dos processos inflamatórios. Assim, esta proteína apresenta elevado potencial como alvo farmacológico na busca por novos tratamentos de doenças inflamatórias. Uma forma rápida e de baixo custo para a descoberta de novas moléculas bioativas é através da realização estudos in silico. Com isso, o objetivo deste estudo é a identificação de compostos oriundos do semiárido baiano com potencial atividade inibitória da proteína p38 MAPK, através de estudos de acoplamento molecular. A estrutura cristalográfica da proteína foi obtida no banco de estruturas de macromoléculas Protein Data Bank. As moléculas do semiárido nordestino foram obtidas através do banco de dados ZINC. Dentre as moléculas disponíveis, apenas 233 foram selecionadas para os estudos de acoplamento molecular, uma vez que enquadraram-se nos parâmetros das regras de Lipinski e Verber. O docking foi realizado utilizando o programa Autodock Vina em sua configuração padrão. A molécula de código ZINC 69481892 foi a única selecionada como promissora no que diz respeito à inibição da proteína p38 MAPK, já que a energia de ligação com a p38 foi -11,1 Kcal.mol-1. Analises das interações intermoleculares demonstraram que as interações de Van der Waals são cruciais para a ligação da molécula ZINC 69481892 no sitio ativo da proteína. Estes dados resultantes da realização de dockings são significativos, entretanto de baixa acurácia. Assim, os resultados hipotéticos dos estudos in sílico devem ser confirmados por estudos in vitro e/ou in vivo.
其他摘要：The P38 MAPK protein is mainly involved in the synthesis of the proinflammatory cytokines IL1 and TNF-alpha and is important in the maintenance and amplification of the inflammatory process. Therefore, this protein presents high potential as a pharmacological target in the search for new treatments for inflammatory diseases. In silico approach has been of great importance to develop quick and inexpensive target identification and way to discover new bioactive molecules. This study used a computer ligand-docking method to screen the compounds from the Bahia semiarid region in silico for their ability to inhibit p38 MAPK activity. The protein crystallographic structure of the p38 MAPK was obtained from the Macromolecular Protein Data Bank. Northeast semiarid molecules were obtained from the ZINC database. The database was screened and a set of 233 molecules were selected as candidates using filtering based on parameters of the rule of Lipinski and Verber. The docking was carried out using the program Autodock Vina in its default configuration. The compound with ZINC databank code: 91596862 was found the most promising compound acoording to their binding free energy value obtained in the docking experiments (11,1 Kcal.mol-1) Intermolecular interactions analysis suggested that Van der Waals interactions are crucial to the ZINC molecule 69481892 in the active site of the p38 MAPK protein. Data resulting from all dockings are significant, although it has low accuracy. Thus, the hypothetical results of these in silico studies should be confirmed by in vitro and/or in vivo tests.
关键词：Molecular Docking Simulation; Inflammation; p38 mitogen-activated protein kinases.
