Este artigo tem como objetivo analisar as possíveis diferenças e influências do Programa de Apoio a Planos de Reestruturação e Expansão das Universidades Federais (Reuni) sobre a evolução dos indicadores de desempenho das Instituições Federais de Ensino Superior (Ifes) brasileiras. Assim, pretende-se contribuir com a análise dos efeitos do Reuni sobre o comportamento intertemporal dos indicadores de desempenho, a fim de potencializar as ações de monitoramento e controle social da política pública implementada. Para isso, realizou-se o teste de hipóteses de diferenças entre médias para verificar se, estatisticamente, o programa influenciou os indicadores de desempenho nas Ifes. Os resultados demonstraram a elevação dos gastos para manter as novas e reformadas estruturas universitárias, melhorias no nível de envolvimento na Pós-graduação e na qualificação do corpo docente, que refletiram no aumento do conceito médio dos cursos avaliados pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes).