Patogeneza sindroma virusnih hemoragijskih groznica je složena Virusi i njihovi antigeni, nađeni u ćelijama više organa, dovode do oštećenja ćelija i tkiva. Pored toga, više činilaca domaćina je aktivno uključeno u nastanak bolesti. Među njima su posebno značajne endotelne ćelije za koje se smatra da započinju, a mononuklearne ćelije da direktnim delovanjem ili preko medijatora (citokina) dovršavaju proces patogeneze. Kao posledica ove interakcije nastaje disfunkcija endotelnih ćelija u održavanju barijere između vaskularnog i intersticijalnog prostora. Bolje poznavanje patogenetskih činilaca sindroma virusnih hemoragijskih groznica može doprineti poboljšanju lečenja obolelih.