Uma das características mais marcantes do HIV-1 é a imensa diversidade observada entre as cepas que compõem a pandemia de HIV/AIDS. Na última década, a classificação das variantes do vírus em grupos, subtipos e formas recombinantes circulantes (CRF) e a observação de padrões específicos de mutação têm provado serem ferramentas poderosas para os estudos da dinâmica molecular do vírus. O acompanhamento da distribuição mundial da diversidade do HIV-1 tem sido empregado, por exemplo, em programas de vigilância epidemiológica, bem como na reconstrução da história de epidemias regionais. Além disto, a observação de padrões específicos de distribuição espacial do vírus sugere a existência de diferenças na patogenia e transmissibilidade entre os diversos subtipos. A análise molecular das seqüências do vírus também permite a estimativa do tempo de divergência entre as variantes e das forças dinâmicas que modelam as árvores filogenéticas.

HIV-1 is remarkable for the diversity of strains comprising the HIV/AIDS pandemic. In the last decade, classification of viral variants as groups, subtypes, and circulating recombinant forms (CRF) and the observation of specific mutational patterns have become powerful tools for studying viral molecular dynamics. Monitoring the worldwide distribution of HIV-1 diversity has been used in both epidemiological surveillance programs and in reconstructing the history of regional epidemics. Specific patterns of virus spatial distribution also suggest differences in pathogenicity and transmissibility among the various subtypes. Molecular analyses of viral sequences allow estimating the rate of divergence among variants and the dynamic forces shaping the phylogenetic trees.