Introducción: más de 37 % de la población de la región de las Américas vive en zonas maláricas, lo que constituye un serio problema de salud para el hombre. Objetivo: describir los principales indicadores entomoepidemiológicos que ayudarán a redefinir zonas estratificadas con riesgo malárico, en los distintos niveles de exposición en un área de salud de la región norte guatemalteca entre 1999 y 2000. Métodos: se realizaron análisis factoriales según criterio de Kaiser para la selección del número de componentes principales. Se aplicó una prueba t para muestras dependientes, y un análisis discriminante de los parámetros incluidos para determinar la(s) variable(s) de mayor incidencia entre los grupos de municipios bajo estudio. Para verificar si era necesario habilitar estrategias epidemiológicas diferenciadas por municipios, se realizó un análisis de conglomerados. Resultados: se reportó hacia 2000 una disminución de los indicadores epidemiológicos; se destacaron el índice de láminas positivas (t= 5,07159; p= 0,003862) e índice Plasmodium vivax anual (t= 3,48982; p= 0,0175), junto con una reducción de la morbilidad más pronunciada en el índice parasitario anual, lo que permitió redefinir las localidades según riesgo. Plasmodium vivax fue la principal causa de morbilidad en ambos años y P. falciparum resultó más resistente a las medidas de control. Los análisis de conglomerados mostraron una clara división del departamento en 2 grupos, el índice Plasmodium vivax anual resultó el más discriminante (lambda de Wilk (l)= 0,14778, p< 0,008631). Se detectaron 5 especies de anofelinos, los más abundantes Anopheles albimanus (62 L/m²) en las charcas estacionales y An. eiseni (17,8 L/m²), respectivamente. Conclusiones: con la estrategia implementada no se han producido brotes epidémicos por más de 2 años, a pesar de estar en una zona endémica. Se busca mejorar y fortalecer la relación intersectorial e intrasectorial, para favorecer la reducción de la carga económica del programa de control antivectorial.