Se analizan algunos temas relacionados con la selección y la construcción de los datos de costos unitarios para utilizar en análisis económicos regionales, con ejemplos ilustrativos de un análisis de la vacuna conjugada infantil antineumocócica realizado en 10 países de América Latina y el Caribe en 2006. El objetivo del análisis fue obtener un conjunto consistente de costos unitarios de recursos empleados en el tratamiento de la enfermedad neumocócica, según una bien ponderada combinación de datos publicados, tasas de reembolso, datos de cobro y nuevos métodos de determinación de costos detallados. Los pasos previos al análisis abarcaron la determinación del grado de detalle requerido, la definición del intervalo de costos de interés y la selección de conceptos de medición apropiados. Se determinó el costo detallado de los ítems mediante la descomposición de los componentes del tratamiento. Para el análisis se utilizaron los costos promedio ponderados por la población. En este informe se describen los diferentes métodos de determinación del costo empleados en el estudio y los problemas conceptuales y prácticos encontrados para su aplicación. También se identifican los posibles retos para generalizar este enfoque a otros escenarios de determinación de costos con otras enfermedades.