OBJETIVOS: Describir los subsistemas públicos de los Sistemas Nacionales de Investigación en Salud (SNIS) en cinco países de América Latina (Argentina, Bolivia, Chile, Paraguay y Uruguay), con énfasis en los tipos de arreglos institucionales que se observan en cada país para promover, desarrollar y sostener sus SNIS, así como en los mecanismos explícitos o implícitos de priorización de proyectos de investigación en salud. MÉTODOS: Se identificó a los organismos responsables de manejar los recursos públicos destinados a financiar proyectos de investigación en salud en los cinco países estudiados. Luego se analizaron los tipos de proyectos que fueron financiados -utilizando una matriz por área y objeto de estudio-, ciertas características de los investigadores principales y los montos asignados entre 2002 y 2006. RESULTADOS: Solamente los países con mayores recursos o con redes de investigadores más desarrolladas poseen estructuras formales de asignación de fondos, con convocatorias periódicas y reglas estables, y ninguno cuenta con mecanismos explícitos e integrales de priorización para la investigación en salud. A su vez, las prioridades de investigación en salud presentan diferencias importantes entre países. En este sentido, es notorio que ciertos problemas, como "nutrición y medio ambiente" o "violencia y accidentes", reciban escasa atención en la mayoría de los países, al igual que varios temas de salud pública en algunos otros. Contrariamente, la investigación referida a "ciencias básicas" absorbe hasta un tercio de los recursos totales para investigación. CONCLUSIONES: Surgen numerosos interrogantes acerca de la capacidad de estos países para adaptar y generar nuevos conocimientos, y de la casi inexistente investigación sobre condicionantes sociales, económicos y culturales o sobre servicios y sistemas de salud, de alto impacto en grupos con acceso limitado al cuidado de la salud. Es necesario establecer explícitamente las prioridades en la agenda de investigación en salud, en consenso con las partes interesadas, así como incorporar mecanismos de monitoreo y seguimiento por temas y áreas de estudio del financiamiento de la investigación en este campo.

OBJECTIVES: Describe the public subsystems of the national health research systems (SNIS) in five Latin American countries (Argentina, Bolivia, Chile, Paraguay, and Uruguay), emphasizing the types of institutional arrangements in place in each country to promote, develop, and sustain their SNIS, as well as explicit or implicit mechanisms for prioritizing health research projects. METHODS: The bodies responsible for managing the public resources allocated to finance health research projects in the five countries studied were identified. The types of projects financed were then analyzed-using a matrix constructed by area and object of study-, certain characteristics of the principal investigators, and the sums allocated between 2002 and 2006. RESULTS: Only the countries with greater resources or better developed networks of investigators have formal structures for allocating funds with regular calls for proposals and fixed rules. None of them has explicit comprehensive mechanisms for prioritizing health research. Moreover, the health research priorities in the countries vary widely. In this regard, it is significant that problems such as "nutrition and the environment" or "violence and accidents" receive little attention in most countries. The same holds true for a number of public health issues in some countries. In contrast, the research in the "hard sciences" absorbs up to one-third of the total resources for research. CONCLUSIONS: Many questions arise about the ability of these countries to adapt and generate new knowledge, as well as the nearly nonexistent research on social, economic, and cultural determinants, or on health services and systems that have a high impact on groups with limited access to health care. Explicit priorities should be set with stakeholders for the health research agenda, and mechanisms should be adopted for monitoring and following up health research financing by subject and area of study.