O sistema de gestão da saúde pública brasileira passou por um processo de reestruturação nos últimos anos. Uma das consequências foi o estabelecimento de nova relação entre o Ministério da Saúde (MS) e o Ministério da Educação (MEC) no que tange ao financiamento dos hospitais universitários das universidades federais. Nesse sentido, o Ministério da Saúde implementou o processo de certificação dos hospitais universitários - um conjunto de metas a serem atingidas nos processos financeiro, de gestão e educação, bem como do modelo assistencial a ser seguido. Este artigo apresenta um método de análise de decisão multicritério aplicado no desenvolvimento de um modelo para auxiliar gestores de hospitais universitários a avaliarem o desempenho institucional no atendimento das metas pactuadas com o MS/MEC para a certificação. O estudo de caso foi realizado em um hospital da rede federal de educação do Brasil.

The public health system management in Brazil has undergone a certain amount of restructuring over the past years. One consequence of the restructuring was the establishment of a new relationship between the Ministry of Health (MS) and the Ministry of Education (MEC) regarding the funding of University Hospitals of Federal Universities. Therefore, the Brazilian Ministry of Health has implemented the certification process of University Hospitals - a set of goals to be met concerning financial, management and education processes, as well as the assistance model to be adopted. This article presents the use of Multi Criteria Decision Analysis to support the development of a model aimed at assisting managers of a university hospital in assessing institutional performance, so that their goals jointly agreed between the MS/MEC can be met and certification is obtained. The case study was conducted within a hospital of the federal network of education in Brazil.